小三通的影响，对两岸的影响
两岸本来希望透过小三通作试点，令两岸全面三通能够恢复过来。可是，基于自台湾李登辉时代后期的戒急用忍政策转向，和继任的陈水扁政府对中国大陆的态度，导致大陆海协会和台湾海基会的磋商陷于瘫痪，使得小三通未能引发全面三通。而小三通初期的相关配套措施，也因太匆促而不够完善，导致使用者对小三通怨声载道。而政府目前限制只有特定人士才能循小三通往返两岸。
不过，小三通的确能够加强福建和台湾之间的民间交流，可说是为日后的台商包机开设先例。从2001年开航以来，因为节省旅费旅程，逐渐成为台商往返两岸的捷径。2001年的旅客数只有2万人次，目前成长到2005年的50万人次。